旗本退屈男 謎の幽霊船

Feodal Japonya'da, klanlar arasındaki kanlı bir savaş sırasında, yenilmiş bir ordunun askerleri olan iki korkak ve açgözlü köylü, onları dağlarda saklı bir kaleye götüren gizemli bir adama rastlar.

Kör bir gezgin olan Zatoichi kumar oynarak ve masaj yaparak geçimini sağlar. Aynı zamanda usta kılıç kullanışıyla ünü dört bir yana yayılmıştır. Bir dağ kasabasına gelen Zatoichi burada Ginzo denilen bir çete ile karşılaşır. Çete bütün kasabayı esir almış, karşı koymaya çalışan herkesi de öldürmektedir. Hattori adındaki samuray bu cinayetlerin baş kahramınıdır. Arkadaşı Şinkiçi ile beraber iki geyşayla tanışırlar. Kardeş olan bu geyşalar intikam hırsıyla dolmuş, güzel ama bir o kadar tehlikeli kızlardır. Ailelerinin öldürülmesinin öcünü almak için bu kasabaya gelmişlerdir. Zorlu bir mücadeleye giren Zatoichi meşhur kılıcıyla ve usta figürleriyle bu çete ile karşı karşıyadır.

Usta Samuray Kambei'nin cesareti ve fedakarlığına şahit olan bir grup köylü ondan sürekli olarak haydutların baskınlarına uğrayan köylerini korumasını isterler. Kambei bu isteği herhangi bir çıkarı olmamasına rağmen kabul eder ve ilk olarak kısa süre sonra müridi olan genç samuray Katsushiro'yu, ardından da güç kullanmaya meraklı bir samuray olarak görünen fakat sonradan bir çiftçinin oğlu olduğu ortaya çıkan Kikuchiyo'yu yanına alır. Takımına dört yeni samuray daha ekleyerek köyü savunmaya girişen Kambei köylüler tarafından sevinçle karşılanır ve herkesin sevgisini kazanır; bir süre sonra onlara kendilerini savunmayı öğretmeye başlar. Bu arada haydutlar köyün sınırlarında dolaşmakta ve yeni saldırıları için uygun bir zaman kollamaktadırlar...

Bir zamanlar yetenekleri ile kimsenin baş edemeyeceği karanlığın insanları vardı. Sadece savaşmak için yaşayan bu gölgelerin savaşçıları “Shinobi” olarak bilinirlerdi. Iga ve Koga iki köyün ninja soylarıydı. Her iki boyunda farklı üstünlükleri vardı. Her iki boyda 400 yıl boyunca Shinobi’nin gizemli sanatları ile sayısız ninja yetiştirmişlerdi.Yüzyıllar süren savaşlardan sonra topraklara barış gelir ve Shinobi boyundan gelen bir adam bir başka boydan kızla tanışır ve hikayemiz burada başlar.