FUTURE WAR 198X年

Güneyde, hilal şeklindeki bir adada bulunan Ay ülkesi (Moon Country), çok zengin ve varlıklı bir ülkedir. Bu zengin ülkenin Prensi olan Michiru bugüne kadar her istediğini para ile satın almıştır. Bu zengin prens son olarak bir seyahate çıkmaya karar verir. Prens Michiru ve oğlu Hikaru’yu koruma görevi ise kahramanlarımıza yani Naruto, Sakura, Kakashi ve Lee’ye verilir.

Hikaye, Ghost in the Shell: S.A.C.'deki olaylardan iki yıl sonra, 2034 yılında geçiyor. 2. konser Kadın cyborg Binbaşı Motoko Kusanagi, siber savaşta uzmanlaşmış seçkin bir terörle mücadele ve suçla mücadele birimi olan ve Togusa'nın saha lideri olarak görev yaptığı 20 saha ajanından oluşan bir ekibe genişleyen Kamu Güvenliği Bölüm 9'dan ayrıldı.